Associer des images aux feuilles d'un arbre phylogénétique
Motivations
De nombreux services web et logiciels proposent des représentations d'arbres phylogénétiques à partir de fichiers au format
Newick.
S'ils permettent d'éditer des arbres (voir par exemple figTree),
aucun, à notre connaissance, n'offre la possibilité d'associer de façon pratique et automatique des photos aux bouts des branches de l'arbre.
L'application standaloneTreePics a été développée pour répondre à ce besoin.
Pour éviter tous les inconvénients d'un transfert de photos du poste client vers un serveur, tout se passe sur le client, dans le
navigateur web. L'application TreePics est une application web (HTML5, javaScript, CSS3) mais qui n'a pas besoin
d'être exécutée dans un serveur web. Si l'application TreePics est
téléchargée elle devient donc accessible sans aucun accès réseau.
Limitations
Les navigateurs utilisés doivent permettre la sélection multiple des fichiers images (HTML5).Toutes les dernières versions
des navigateurs sont compatibles HTML5.
Avec Chrome (sous Windows) la sélection multiple des noms de photos est limitée et dépend de la longueur des noms de photos et du nombre des photos
(limite raisonnable vers 2000). Firefox n'a pas cette limite.
Suivant la taille de la mémoire disponible sur votre matériel, le nombre de vignettes à afficher et la taille des images brutes
le navigateur peut se figer s'il a besoin de plus de mémoire que celle allouée.
Comment citer TreePics
Puillandre N., Brisset J., Chagnoux S., Caviller E. TreePics: visualizing trees with pictures. Soumis à European Journal of Taxonomy
Un arbre en 3 étapes
1 - Sélection du nom du répertoire contenant les photos
Tous les calculs sont faits dans votre navigateur et aucune photo n'est transférée vers un serveur.
Il faut donc d'abord indiquer le répertoire où sont stockées vos photos pour pouvoir ensuite trouver les associations entre les noms de photos
et les noms des taxa dans l'arbre au format Newick.
Le nom du répertoire est conservé et sera réaffiché à la prochaine utilisation.
Il suffira alors de faire "Entrée" ou "Tab"" pour valider cette étape.
Sous Windows, par exemple : C:\Projets\Moleculaire\Standalone\images\
Sous Linux ou Mac, par exemple : /apps/Projets/Moleculaire/Standalone/images/
2 - Sélection des photos (.jpg, .png)
Il faut sélectionner les noms des photos candidates pour les associations avec les spécimens.
Il n’est pas nécessaire de ne sélectionner que les photos qui correspondent à un nom de taxon dans l’arbre.
Il n'y aura aucun transfert, seule la liste des noms des photos est nécessaire.
3 - Sélection d'un arbre au format Newick
Dernière étape : il faut choisir un fichier newick. Tous les formats standards sont acceptés
(vous pouvez utiliser par exemple FigTree pour convertir votre arbre au format Newick).
Si des caractères "'" ou "!" sont présents ils ne seront pas pris en compte.
Affichage de l'arbre
Les vignettes sont zoomables par survol de la souris et sélectionnables dans un panier par clic.
Une vignette sélectionnée peut être désectionnée de la même manière ou via le pannier.
Le contenu du panier permet de comparer les photos sélectionnées dans un format intermédiaire.
L'arbre peut aussi être imprimé (l'impression fonctionne mieux sur Chrome)
Sélection des vignettes
Le panier est vide. Un clic sur une vignette l'ajoute au panier.
